Durante muchos años se pensó que los senos paranasales eran estériles. Sin embargo, parece lógico pensar que la misma flora que coloniza la cavidad nasal también se encuentre en los senos paranasales. Más de la mitad de los pacientes con senos maxilares endoscópicamente normales tienen un exudado con cultivo positivo, aislándose fundamentalmente Streptococcus viridans, Staphylococcus epidermidis, S pneumoniae y organismos anaerobios. El papel que desempeña esta flora normal en la génesis de las sinupatías no se conoce completamente. Por otra parte, las bacterias que más frecuentemente se recuperan en los aspirados de senos maxilares de pacientes con RSBA son S. pneumoniae en un 20-43%, H. influenzae en un 22-35%, y M. catarrhalis en un 2-10%, junto con otras especies estreptocócicas, S. aureus y organismos anaerobios en porcentajes inferiores. En la sinusitis crónica, los principales agentes implicados son S. aureus, estafilococos coagulasa-negativos, Pseudomonas aeruginosa y anaerobios, solos o en combinación con otros patógenos aerobios, aunque su significado patogénico es poco conocido.