El cuadro clínico habitual es el de una neumonía aguda con fiebre alta, escalofríos, sudación, malestar, tos seca (antes de establecerse la comunicación bronquial) y, frecuentemente, dolor pleurítico, lo que sugiere la asociación de empiema. En un tercio de los casos, el comienzo es más subagudo, con un cuadro clínico de semanas o meses de evolución de malestar, febrícula, tos productiva, hemoptisis, adelgazamiento y anemia, lo que obliga siempre a establecer el diagnóstico diferencial con una neoplasia. Una vez que se ha producido la cavitación, en la mitad de los casos se puede observar la presencia de expectoración fétida y abundante. La expectoración pútrida es una evidencia definitiva de la implicación de los anaerobios en el proceso infeccioso (especialmente del género Prevotella), aunque la ausencia de este olor no excluye esta posibilidad. Ciertos organismos microaerofílicos y algunos cocos anaeróbicos no producen los metabolitos finales responsables de la fetidez del esputo. En ocasiones, la expectoración viene precedida de un cuadro de vómica (expulsión súbita de una cantidad importante de pus) que indicaría el establecimiento de una comunicación bronquial.
La exploración física es la de una neumonía con o sin participación pleural. Más tarde, cuando el absceso se abre al bronquio, puede escucharse en la auscultación, un soplo anfórico o cavernoso. En casos de larga evolución pueden verse acropaquias. Además de todo esto, es importante el hallazgo de factores predisponentes a la formación de abscesos, en especial la existencia de una boca séptica, desnutrición y mal estado general.