Las enfermedades producidas por protozoos sólo excepcionalmente afectan al pulmón de forma directa. Únicamente se indicarán en este apartado tres protozoos que pueden afectar a estructuras respiratorias. La más importante, por su gravedad es la malaria (o paludismo) grave debido a la infección por P. falciparum. En esta situación, la adherencia de los hematíes parasitados a los vasos pulmonares, así como la respuesta de las células inflamatorias locales puede dar lugar a un síndrome de distrés respiratorio del adulto. Por otro lado, en la amebosis hepática (enfermedad producida por Entamoeba hystolitica), puede producirse la ruptura del absceso a la pleura o al peritoneo. Finalmente, en las formas crónicas de la enfermedad de Chagas (producida por Trypanosoma cruzi) la aparición de un megaesófago, puede facilitar el desarrollo de una neumonía por aspiración.