Las principales complicaciones de la colitis ulcerosa es el desarrollo de una grave inflamación de toda la pared del colon que se denomina megacolon tóxico, o el de una colitis grave o fulminante que requiera de una cirugía de urgencia. La desnutrición y anemia es otra complicación de esta enfermedad. En las colitis ulcerosas extensas y de larga data existe un riesgo mayor de presentar un tumor en el colon.