La proteasa del VIH es un homodímero de dos subunidades idénticas de 99 aminoácidos. Los IP compiten con el sustrato en la unión al centro activo de la enzima. A pesar de su pequeño tamaño, al menos 42 mutaciones localizadas en 27 codones diferentes, se han asociado con resistencia a los IP.
Algunas de estas mutaciones están relacionadas directamente con la unión de la proteasa al inhibidor (mutaciones primarias) y otras mejoran la actividad de los mutantes sin estar directamente relacionadas con la unión al inhibidor (mutaciones secundarias).
Las resistencias a los IP aparecen más lentamente que a los NNRTI. Se seleccionan cuando éstos son administrados a dosis inadecuadas o como parte de un tratamiento subóptimo. Al menos se requieren 3 mutaciones para observar una pérdida de sensibilidad considerable a los IP. Sin embargo, la interpretación de las mutaciones en la proteasa es complicada. En primer lugar, por la variación natural de su secuencia (polimorfismo): un 48% de los pacientes que nunca han recibido IP tienen de forma natural alguna de esas mutaciones. El significado de estos polimorfismos en relación con la respuesta al tratamiento con IP y su relación con el desarrollo de otras mutaciones no está claro por el momento. Otra dificultad se refiere a las concentraciones del fármaco, que a las dosis administradas, que son las aceptables sin toxicidad prohibitiva, generalmente están muy cerca de las mínimas inhibitorias.