Los métodos disponibles en la actualidad incluyen los ensayos genotípicos, que detectan las mutaciones conocidas que confieren resistencia y las pruebas fenotípicas, que miden el grado de inhibición del VIH in vitro. Ambos se realizan generalmente a partir de muestras de plasma, puesto que en el se encuentran las poblaciones de virus que contienen los cambios relacionados con el tratamiento antirretroviral más reciente de cada paciente.
Dado que la aparición de resistencias genotípicas a un fármaco generalmente precede a la detección de resistencias fenotípicas al mismo y que, además, los métodos genotípicos son más rápidos (1 semana frente a 4-6) y baratos que los fenotípicos, en la actualidad resulta más adecuado el empleo del primer grupo de técnicas. En centros de investigación, ambos ensayos, fenotípicos y genotípicos, se utilizan para examinar tanto mecanismos de resistencia a nuevos fármacos como a combinaciones de drogas. Sin embargo, en centros clínicos, ambos tienen sus limitaciones. Así, el espectro de mutaciones de resistencia en los tests genotípicos a menudo es de difícil interpretación. Por su parte, los tests fenotípicos proporcionan información sobre la susceptibilidad al fármaco del conjunto de la población viral, pasando por alto poblaciones minoritarias que en poco tiempo pueden ser responsables de resistencia. La laboriosidad de los ensayos fenotípicos supone un largo tiempo para la obtención de resultados y que esa circunstancia sea aún más relevante. Aunque ambos tipos de ensayos presentan ventajas e inconvenientes, hay que tener en cuenta que los dos proporcionan información complementaria necesaria a la hora de informar un resultado.