La boca y todas las estructuras que la componen tienen una formación embriológica muy temprana. Están en íntima relación con la nasofaringe y en conjunto constituyen un complejo sistema morfo-funcional denominado sistema estomatognático.
En la octava semana de gestación la cavidad bucal es separada de la cavidad nasal por el paladar, que se ha formado por la unión de las apófisis palatinas del maxilar superior. La lengua, una de las primeras entidades anatómicas diferenciadas, se ubica en el piso de la boca llenando completamente el lecho mandibular. En este momento se pueden apreciar movimientos de la lengua que corresponden a las primeras actividades deglutorias. La boca en sí es un espacio circunscrito entre el maxilar superior y la mandíbula, que se comunica en su parte posterior con los espacios de la retrofaringe: nasofaringe o suprafaringe, orofaringe o mesofaringe y faringofaringe o hipofaringe.