Cuando se considera al recién nacido con sospecha o certeza de ECN, deben satisfacerse tres objetivos diagnósticos. Primero, el diagnóstico debe determinarse pronto en los recién nacidos con riesgo. Segundo, los neonatos con ECN deben tener un plan diagnóstico que establezca la necesidad y momento de una intervención quirúrgica. Tercero, los sujetos con ECN tratada, con operación o sin ella, deben vigilarse en caso que aparezcan las complicaciones de la enfermedad.
Los recién nacidos con riesgo de ECN son habitualmente prematuros y habrán iniciado la alimentación enteral poco tiempo antes. Las manifestaciones clínicas iniciales son distensión abdominal, heces con prueba positiva para sangre, grandes volúmenes de aspirados gástricos y apnea. Si hay sospecha de ECN deben obtenerse radiografías abdominales con vistas anteroposterior y en decúbito. Es importante un plano en decúbito izquierdo para reconocer pequeñas cantidades de aire libre sobre el hígado. Los hallazgos radiográficos sugestivos son la dilatación intestinal, gas en la vena porta y neumatosis intestinal. Esta última representa hidrógeno intramural que se libera por la fermentación bacteriana. Se cree que el gas en la vena porta proviene de la absorción del gas intramural hacia la circulación portal. Aunque la presencia de gas intramural se considera patognomónica de la ECN, no siempre está presente y, en las circunstancias clínicas adecuadas, debe iniciarse el tratamiento a pesar de su ausencia.
No existe un dato de laboratorio diagnóstico de la ECN. El conjunto de resultados del laboratorio proporciona al médico una impresión de la gravedad del padecimiento. La cuenta de leucocitos puede ser alta, normal o baja. Los valores bajos señalan sepsis, resultado de ECN complicada. La trombocitopenia y la acidosis continua también se consideran indicativos de ECN complicada.
Una vez que se establece el diagnóstico de enterocolitis necrosante y se inicia el tratamiento médico, se obtienen radiografías de vigilancia cada seis horas. Los signos radiológicos de infarto intestinal incluyen neumoperitoneo, líquido libre en la cavidad peritoneal, persistencia de asas dilatadas y disminución del gas intestinal con asas asimétricas.
Los hallazgos físicos indicativos de infarto intestinal incluyen celulitis de la pared abdominal, sensibilidad abdominal y tinción escrotal con meconio. Algunas veces, un paciente con ECN no muestra evidencia de perforación y, empero, no hay mejoría clínica. La ultrasonografía y el lavado peritoneal ayudan al médico en esta situación. La ultrasonografía permite detectar las perforaciones contenidas y el líquido intraperitoneal. La aspiración con aguja para obtener líquido peritoneal también es un auxiliar diagnóstico. La obtención de líquido café y amarillo pardo con microorganismos en la tinción de Gram es muy sugestiva de gangrena intestinal.
Después del tratamiento médico o quirúrgico exitoso, el siguiente objetivo diagnóstico es detectar las complicaciones. La complicación más frecuente es el estrechamiento intestinal. Esto sucede sobre todo en el colon, tres semanas a meses después del tratamiento. Todos los recién nacidos con ECN deben someterse a enema con bario antes de cerrar el estoma o abandonar el hospital. Otras complicaciones incluyen sepsis por hongos, estenosis del estoma, fístulas entéricas, síndrome de intestino corto, absceso hepático, infección de la herida y dehiscencia de la herida.