Cerca del 50% de los lactantes con ECN que no se someten a tratamiento quirúrgico se recupera de la enfermedad. La complicación más frecuente después del tratamiento médico es el estrechamiento intestinal, casi siempre del colon.
Los recién nacidos con ECN que se someten a tratamiento quirúrgico tienen índices de supervivencia de 44 a 87%. Cerca de la mitad de todos los pacientes sometidos a una intervención quirúrgica tienen complicaciones. Estas incluyen estenosis del estoma, retracción estoma’, estrechamientos intestinales, fístulas entéricas, síndrome de intestino corto, absceso intraabdominal e infección de la herida. Las indicaciones específicas para el tratamiento quirúrgico y la premadurez extrema no se relacionan con mayores índices de complicaciones. El índice de mortalidad es más alto en lactantes con peso muy bajo al nacer.
Se dispone de poca información para evaluar las implicaciones de la ECN en el desarrollo. Casi la mitad de los lactantes que sobreviven muestra características normales de desarrollo neurológico en el seguimiento a largo plazo.En una pequeña cohorte de 40 sobrevivientes de ECN, los resultados adversos en el desarrollo neurológico se relacionaron con la premadurez subyacente y trastornos concomitantes, en lugar de la ECN misma. Por lo menos 10% de los niños padece secuelas gastrointestinales, como síndrome de intestino corto, malabsorción de grasas o estrechamientos intestinales,Como era de esperarse, la gravedad de cualquier alteración gastrointestinal se relaciona con la gravedad de la enterocolitis necrosante.
Los lactantes con peso muy bajo al nacer que sobreviven a la ECN parecen tener un desarrollo psicosocial equivalente a los controles de peso muy bajo al nacer.La gravedad de la enterocolitis tiene implicaciones para el crecimiento y desarrollo, ya que los sobrevivientes de ECN «grave» tienen peso corporal ajustado y perímetro cefálico más bajos.